Seit den Zylonenkriegen sind 40 Jahre vergangen. Die Galactica, ein Kampfstern der in der Zeit der Zylonenkriege erbaut wurde, soll zukünftig als "Museumsschiff" dienen. Doch wie aus dem Nichts kehren die Zylonen zurück und löschen mit einem riesigen Atombombenangriff Milliarden Menschen auf einen Schlag aus. Übrig bleibt eine kleine Flotte, die sich unter den Schutz der Galactica begibt. Die Galactica wurde von Commander Adama reaktiviert, er ist nicht nur ein Veteran aus den Zylonenkriegen, sondern auch der höchste verbleibende Offizier der Flotte.

Zur Crew der Galactica zählen fortan auch sein sein Sohn Lee (Rufzeichen "Apollo") und die beste Pilotin der Flotte, Kara Thrace (Rufzeichen "Starbuck"). Während des Angriffs wurden der Präsident und die meisten Kabinettsmitglieder getötet. Neue Präsidentin der 12 Kolonien wird die bisherige Bildungsministerin Laura Roslin, sie stand auf Platz 43 der Nachfolgeliste für den Präsidenten.

Gezwungen zur Zusammenarbeit versuchen Präsidentin Roslin und Commander Adama ihr bestes um die Zivilisten zu retten und die Zylonen zu bekämpfen. Gaius Baltar, ein korruptes Genie, durch dessen Fehler die Zylonen das Verteidigungssystem infiltrieren konnten wurde gerettet und ist nun einer der verbliebenen großen Intellektuellen der Menschheit. Bisher hat niemand Baltars Schuld am Angriff der Zylonen entdeckt, noch das er möglicherweise immer noch von den Zylonen kontrolliert wird. Er hat immer wieder Visionen von der verführerischen Zylonin "Number Six". Ironischerweise führt Baltars Wissen über die Zylonen dazu, das er zum Beauftragten für alle die Zylonen betreffende Dinge berufen wird. Den Zylonen unterlegen muss auch Adama gegenüber der Präsidentin zugeben, das der Kampf schon längst verloren ist. Ohne eine andere Wahl als die Flucht, machen sich die Überlebenden auf die Suche nach der mythischen 13. Kolonie von Kobol, der Erde!

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