Das SG-1-Team um Jack O’Neill hat unter dem Eis der Antarktis die Überreste eines verlassenen Außenpostens der Antiker – der Erbauer der Sternentore - entdeckt. Mitten in den Ruinen findet Daniel Jackson eine ungewöhnliche Stargate-Adresse, von der er hofft, dass sie in die Heimatgalaxie dieser uralten Zivilisation führt, von der einige glauben, dass es sich dabei um das sagenumwobene Atlantis handelt. Allerdings befindet sich dieser Ort in der um Lichtjahre entfernten Pegasus- Galaxie und damit weiter weg, als sich bislang je ein Stargate-Team ins Universum hinausgewagt hätte. Die Energie zur Erzeugung eines Wurmlochs zu einer so weit entfernten Galaxie reicht nur für die Hinreise. Also steht General Jack O’Neill, der neue Leiter des SGC, vor der schwierigen Aufgabe, ein geeignetes Team für diese gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang zusammenzustellen. Die Leitung überträgt er der Wissenschaftlerin Dr. Elizabeth Weir . An ihrer Seite schreiten Major John Sheppard, Lieutenant Aiden Ford , Colonel Marshall Sumner und Dr. Rodney McKay durch das Sternentor. An ihrem Zielort angekommen stößt das Team auf ein wahres Wunderwerk der Technik: Eine Stadt mitten im Meer, die allerdings völlig verlassen zu sein scheint. Ein mächtiger Schutzschild bewahrt sie davor, von der gewaltigen Meeresströmung einfach mitgerissen zu werden. Allerdings findet Dr. McKay heraus, dass die Stadt offensichtlich allmählich ihre Energie verliert – und damit ihr kostbares Schutzschild. Da es nicht auf die Erde zurück kann, muss das Team schleunigst eine andere Energiequelle finden. So beschließen sie, das dortige Stargate-System und die außerirdische Technologien, die sie dort vorfinden, zu nutzen, um die Pegasus-Galaxie zu erforschen. Major Sheppard und Colonel Sumner landen schließlich bei der Suche nach einer Energiequelle auf einem Planeten, der von menschenähnlichen Wesen bewohnt wird. Doch ihre Anführerin Teyla warnt die Neuankömmlinge eindringlich vor einem mächtigen Feind, den Wraith, die nur dank ihrer Fähigkeit, anderen Wesen die Lebensenergie zu entziehen, existieren können. Nach der Ankunft des Atlantis-Teams in der Pegasus- Galaxie erwachen die Wraith in großer Zahl aus einem tausendjährigen Schlaf. Das Team muss nun alles daran setzen, den Wraith den Weg auf die Erde zu versperren...

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